התואר השני בחוג למערכות מידע מאפשר העמקה ומחקר פורץ דרך במגוון רחב של נושאים, לרבות: תהליכים עיסקיים, מערכות תומכות החלטה, הנדסת תוכנה, היבטים אנושיים של הנדסת תוכנה, בינה עסקית, כרית טקסט, ראיה ממוחשבת, ממשקי אדם-מחשב וויזואליזציה, ביג דאטה, מערכות מידע רפואיות וביולוגיות, קהילות יצרניות ועוד.

הלימודים מתקיימים במסלול  מחקרי (תזה) ובמסלול לא מחקרי (פרויקט).

החוג גם מציע תכנית במגמת אינטראקציית אדם-מחשב (מסלול מחקרי בלבד). תוכנית זו מעניקה לסטודנטים את הידע, הכלים המעשיים וההבנה התאורטית הדרושים להמשגה, עיצוב, בנייה והערכה של יישומי תוכנה וממשקי אדם-מחשב הבנויים לתועלת המשתמש (יחיד, קבוצה, ארגון או חברה). לימוד והבנת הצרכים והיכולות האנושיים, הטכנולוגיים, והארגוניים משולבים בתוכנית.

לימודי תואר שני במסלול מחקרי ולא מחקרי.