תוכנית הדוקטורט בחוג לגאוגרפיה ולימודי סביבה מאפשרת התמחות והעמקה בכל אחד מתתי התחומים של הגאוגרפיה ולימודי הסביבה.

רשאי להגיש מועמדות כתלמיד לתואר דוקטור כל בעל תואר שני (מ"א) מאוניברסיטה מוכרת אשר סיים לימודיו לתואר שני במסלול עם תיזה בציון כללי של 87 לפחות כאשר ציון התיזה הוא 86 לפחות. תלמיד שסיים לימודיו במסלול ב' (ללא עבודת גמר מחקרית) יוכל להירשם למסלול לימוד מחקר מקדים (ראה להלן) ובזמן זה לא ייחשב התלמיד כתלמיד דוקטורט (כל המועמדים יוזמנו לראיון בוועדת קבלה).

עבור תלמידים שלא סיימו לימודי גאוגרפיה לתואר ראשון או שני תקבע ועדת הדוקטורט החוגית את תוכנית ההשלמות הרצויה.