כמפורט באתר הרשות ללימודים מתקדמים

הלימודים נחלקים לשני שלבים:
1. תלמיד/ת מחקר שלב א׳ – שלא יעלה על 12 חודשים.
2. תלמיד/ת מחקר שלב ב׳.
שנת הלימודים הראשונה תוקדש בעיקרה להכנת תכנית מחקר מפורטת, שתוגש לוועדת הדוקטורט החוגית באישורו של מנחה העבודה. עם אישורה יעברו המועמדים למעמד של תלמידי מחקר שלב ב׳.
בכל שלב ישמע התלמיד סמינר מחקר לתלמידי דוקטורט במסגרת ביה״ס להיסטוריה (סה״כ שני סמינרים).
מדריך עבודת הד״ר יקבע לתלמיד המחקר את תכנית הלימודים שלו ואת היקפה. ועדת הד״ר החוגית תאשר את התכנית והיקפה. תוכנית הלימודים תכלול קורסים בהיקף של עד 16 שש״ס ולא יותר מארבעה קורסים. הוועדה רשאית להטיל על התלמיד חובת בחינה (בכתב או בעל־פה) בשיעורים שהתלמיד נדרש להשתתף בהם. בסמינריונים נדרשת רק חובת השתתפות פעילה.
עם סיום חובות הלימוד ובגמר עבודת המחקר, יגישו התלמידים את עבודותיהם בחתימת המנחים לוועדת הדוקטורט החוגית. לאחר שתבחן את מהלך הלימודים ואת העבודה שבפניה, תמליץ הוועדה על מינוי השופטים ותעבירה לרשות ללימודים מתקדמים.