לימודי תואר שלישי (לתואר דוקטור PhD) מיועדים לסטודנטים נבחרים, בעלי תואר מ"א (במסלול עם תזה), המעוניינים בהתמחות בנושא ספציפי הקשור לתחומי הייעוץ והתפתחות האדם ובביצוע מחקר מקיף ומעמיק בנושא זה. לימודי הדוקטורט כוללים השתתפות במספר מצומצם של קורסים ועיקר הלימוד כרוך בכתיבת הצעת המחקר, בביצועו ובכתיבת דו"ח המחקר הסופי – כל זאת בהנחיית מנחה אישי מסגל החוג. משך הלימודים הינו כארבע שנים והאוניברסיטה מציעה תמיכות כספיות מסוגים שונים לתלמידי מסלול זה.

ניתן גם לבצע עבודה במסלול בינתחומי בפסיכואנליזה.