החוג לניהול משאבי טבע וסביבה הוא החוג הראשון, העוסק בהיבטים ניהוליים של משאבי הטבע והסביבה והוא הוקם בשנת 1998. החוג מכשיר כוח-אדם ברמה אקדמית ומקצועית גבוהה, לשם התמודדות ופתרון בעיות במישור הניהולי, במערכות העוסקות בקביעת מדיניות וקבלת החלטות בתחום איכות הסביבה ושימוש מושכל בר-קיימא של משאבי טבע.

החוג מעוגן בפקולטה לניהול ומעניק תוארי מאסטר (MA במסלול עם או ללא תיזה) ודוקטורט בניהול משאבי טבע וסביבה, בשלוש תוכניות לימודים (ניהול משאבי טבע וסביבה, ניהול ומדיניות אנרגיה וניהול קיימות בסביבה הבנויה- שתי האחרונות הינן תוכניות ספח). כמו כן מקיים החוג, בשיתוף עם החוג למנהל עסקים בפקולטה תוכנית בינלאומית באנגלית המקנה תואר MBA.