הלימודים בחוג לחינוך מיוחד מתמקדים בלמידה מעמיקה בהיבטים תיאורטיים, מחקריים ויישומיים של תחומי החינוך המיוחד השונים, כולל התמקדות בלקויות התפתחותיות ולקויות תקשורת, הפרעות רגשיות ובעיות התנהגות, לקויות חושיות והתמחות בגיל הרך. המטרה המרכזית של לימודי תואר שני בחוג זה היא ליצור תשתית רחבה של ידע, חשיבה ומיומנויות, שיאפשרו לתלמיד למלא תפקידים בכירים בתחומים של מחקר וחינוך של אוכלוסיות עם צרכים מיוחדים והכשרה לקראת לימודים לתואר השלישי. התוכנית מבוססת על לימודי תואר ראשון בחינוך מיוחד (או השלמות המשמשות כתנאי קדם).

כדי לעבוד במסגרת מערכת החינוך נדרשת תעודת הוראה אליה ניתן ללמוד במסגרת החוג. (הלימודים לתואר שני בחינוך מיוחד אינם מעניקים תעודת הוראה).